1. Als eine Art Vorfelddiagnostik zur Abklärung eines Krebsverdachtes. Da sich dieser häufig nicht bestätigt, hilft die Zelldiagnostik viele unangenehme und kostspielige Operationen (zum Beispiel der Schilddrüse) oder Gewebsentnahmen (zum Beispiel der Prostata, der Mundschleimhaut) zu vermeiden.

2. Wenn ein Krebsverdacht als sichtbare Schleimhautveränderung (siehe Tabelle 2) oder als Knotenbildung in einem Organ abzuklären ist (siehe Tabelle 3). Da die cytologische Krebsdiagnostik gegenüber der histologischen keiner blutigen Gewebsentnahme bedarf, ist sie in der Regel schmerzfrei und ohne Komplikationen.

3. In einigen Fällen als Ersatz der histologischen Diagnostik. So sind bei Lungen-, Prostata-, Leber-, Bauchspeicheldrüsen- und Rippenfellkrebs Zelldiagnosen von gleicher Sicherheit wie bei einer Gewebeentnahme möglich.

4. Zum regelmäßigen "Screening" bestimmter Organe vor einer ggf. zur Behandlung nötigen Operation (Gebärmutterhals, Lunge, Harnblase) bei Risikogruppen auf Krebs.